માલેગાંવ ૨૦૦૮ બોમ્બ વિસ્ફોટ કેસ લગભગ ૧૭ વર્ષ સુધી ચાલ્યો. આ સમય દરમિયાન, તપાસ એટીએસ થી એનઆઇએ ને ટ્રાન્સફર કરવામાં આવી. પાંચ અલગ અલગ ન્યાયાધીશોએ કેસની સુનાવણી કરી. અંતે, જસ્ટિસ એ. કે. લાહોટીનું ટ્રાન્સફર રદ કરવામાં આવ્યું અને ચુકાદો આપવામાં આવ્યો. ૧૭ વર્ષની રાહ જોયા બાદ, ગુરુવારે બધા આરોપીઓને મુક્ત કરવામાં આવ્યા
એટીએસ એ શરૂઆતમાં સ્વર્ગસ્થ પોલીસ અધિકારી હેમંત કરકરેના નેતૃત્વમાં કેસની તપાસ કરી હતી. તેમણે ‘અભિનવ ભારત’ સંગઠન સાથે સંકળાયેલા જમણેરી ઉગ્રવાદીઓ પર આરોપ લગાવ્યા હતા. બાદમાં, તપાસ એનઆઇએને સોંપવામાં આવી હતી, જેમણે કોર્ટને કહ્યું હતું કે પ્રજ્ઞા ઠાકુર સામે કોઈ પુરાવા નથી. જોકે, કોર્ટે કેસ ચાલુ રાખ્યો અને કહ્યું કે તેમની વિરુદ્ધ પ્રથમદર્શી પુરાવા છે. ૨૦૦૮ થી ૨૦૨૫ દરમિયાન પાંચ ન્યાયાધીશોની નિમણૂક કરવામાં આવી હતી. વિસ્ફોટના પીડિતો અને આરોપીઓ બંનેએ ફરિયાદ કરી છે કે ન્યાયાધીશોના વારંવાર બદલાવને કારણે ટ્રાયલ વિલંબિત થઈ હતી.
પીડિતોનું પ્રતિનિધિત્વ કરતા એડવોકેટ શાહિદ નદીમે સ્વીકાર્યું કે કેસના દસ્તાવેજોના મોટા જથ્થાને કારણે, દરેક નવા ન્યાયાધીશને કેસને નવેસરથી સમજવો પડ્યો. આ કેસમાં પહેલા ન્યાયાધીશ જસ્ટિસ વાય. ડી. શિંદે હતા. તેમણે પહેલા આરોપી પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુર, લેફ્ટનન્ટ કર્નલ પ્રસાદ પુરોહિત અને અન્ય આરોપીઓને ન્યાયિક કસ્ટડીમાં મોકલ્યા અને તેમણે જ મકોકા દૂર કર્યો. જોકે, રાજ્ય સરકારે અપીલ કર્યા બાદ, હાઇકોર્ટે ફરીથી મકોકા લાગુ કર્યો.
મુંબઈની એનઆઈએ કોર્ટે આ કેસના આરોપી પૂર્વ સાંસદ સાધ્વી પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુર અને લેફ્ટનન્ટ કર્નલ પ્રસાદ પુરોહિત સહિત સાત આરોપીઓને મુક્ત કર્યા. કારણ પુરાવાના અભાવ હતો. ન્યાયાધીશ લાહોટીએ ચુકાદામાં જણાવ્યું હતું કે ફરિયાદપક્ષ નક્કર પુરાવા અને વિશ્વસનીય સાક્ષીઓ પણ રજૂ કરી શક્યા નહોતા.
